Meski begitu, pondok pesantren tetap berbeda dengan madrasah. Letak perbedaan keduanya ada pada tradisi, sistem asrama, dan metode pembelajaran. Contohnya, pesantren sangat lekat dengan tradisi kitab kuning, sedangkan madrasah tidak.
Selain itu, sistem asrama membuat pesantren bisa mendidik santri selama 24 jam dan mengaplikasikan ilmu agamanya dalam kehidupan. Hal ini jelas berbeda dengan madrasah yang memiliki sistem mirip sekolah umum non-asrama.
