NU memiliki jumlah pesantren terbanyak di Indonesia. Menurut data Rabithah Ma’ahid Islamiyah atau Asosiasi Pondok Pesantren di bawah naungan NU, di Jawa Timur terdapat lebih dari enam ribu pondok pesantren, yang dikelola dari generasi ke generasi.
Sejumlah pesantren yang berdiri lebih dari satu abad, menjadi rujukan berdirinya pesantren-pesantren di kemudian hari. Seperti Pondok Pesantren Salafiyah Syafiiyah Sukorejo Asembagus Situbondo, Pondok Pesantren Langitan Tuban, Pondok Pesantren Sidogiri Pasuruaun, Pondok Pesantren Denanyar Jombang, Pondok Pesantren Tambakberas dan Tebuireng Jombang.
Pondok pesantren merupakan institusi pendidikan yang telah mengakar di masyarakat dan mempunyai sejarah panjang, jauh sebelum Indonesia merdeka. Akar tradisi pesantren tak bisa dilepaskan dari semangat dakwah dan perjuangan bangsa, untuk mewujudkan masyarakat yang baik (khairu ummah) di tengah-tengah masa yang terus berubah.
Wujud pembelajaran di pondok pesantren saat ini telah mengalami banyak perubahan. Bila di masa lalu hanya mengajarkan mengenai kitab kuning, sekarang juga mengadopsi kurikulum madrasah.
Bahkan, sebagian pondok pesantren mengadopsi kurikulum sekolah umum atau menyusun sendiri. Kurikulum ini biasanya mengkolaborasikan kurikulum madrasah dan sekolah biasa.
Meski begitu, pondok pesantren tetap berbeda dengan madrasah. Letak perbedaan keduanya ada pada tradisi, sistem asrama, dan metode pembelajaran. Contohnya, pesantren sangat lekat dengan tradisi kitab kuning, sedangkan madrasah tidak.
Selain itu, sistem asrama membuat pesantren bisa mendidik santri selama 24 jam dan mengaplikasikan ilmu agamanya dalam kehidupan. Hal ini jelas berbeda dengan madrasah yang memiliki sistem mirip sekolah umum non-asrama.
