Lalu pada 1968, ia kuliah di IKIP Yogyakarta dengan mengambil jurusan sejarah.
Sempat menjadi guru di Sekolah Muhammadiyah, Lombok Timur, NTB, Buya pada 1995 terpilih menjadi Wakil Ketua PP Muhammadiyah. Pada 1998 hingga 2005, Buya Syafii Maarif menjabat Ketua PP Muhammadiyah